Obwohl am 26.04.1944 an den Admiral der Seebefehlsstellen die Aufstellung der 4. Transportflottille in Saloniki unter ihrem Kommandeur Kaptlt. Alexy gemeldet wurde, bestand diese praktisch schon seit dem 18.04.1944. Seit diesem Zeitpunkt befand sich das schon im ägäischen Raum vorhandene Personal als Zusatzbesatzung auf griechischen Motorsegler, die, von der Mittelmeer-Reederei bereedert wurden. Diese Besatzungen hatten die Aufgabe, die besondere Eigenart der griechischen Motorsegler und die besonders schwierige Navigation im Inselgebiet der Ägäis kennen zu lernen.
Da das aus der Heimat eintreffende Personal größtenteils weder über die nötigen seemännischen noch die technischen Kenntnisse verfügte, musste erst an Land mit der Schulung der Soldaten begonnen werden.
Am 10.05.1944 erhielt die Flottille für Transportaufgaben ihr einziges Schiff, den Segler Medusa. Wie auch bei der 5. Transportflottille unterstand sie personalmäßig dem Admiral der Seebefehlsstellen und einsatzmäßig dem Seetransportchef Ägäis.
Bis Ende August 1944 bestanden ihre Aufgaben dahin, Zusatzbesatzungen für griechische Motorsegler zu stellen und Personal auszubilden. Daneben beteiligte sich die Flottille im Auftrage der Seetransportstelle Saloniki an der Beschlagnahmung von griechischen Motorseglern und stellte Sabotage-Wachen.
Ab dem 15.08.1944 begann auch diese Flottille nicht aktives Personal, sowie Soldaten ohne Spezialausbildung unabkömmlich zu stellen und an die Mittelmeer-Reederei abzugeben. Jedoch wurde diese Maßnahme auf Grund der beginnenden Räumung der ägäischen Inseln und der Auflösung der Mittelmeer-Reederei Griechenland schon vier Tage später wieder aufgehoben.
Mit der Erklärung Griechenlands zur Kampfzone erteilte der Seetransportchef am 05.09.1944 der 4. Transportflottille den Befehl, sich schnellstens aufzulösen und das Personal nach Ermessen des Seekommandanten Nordgriechenlands in die Heimat oder zum Aufbaukommando Saloniki zu schicken.
Damit endete auch für diese Flottille nach nur 4 Monaten der Einsatz in der Äägis.