Der Stützpunkt Warnemünde war ab Kriegsbeginn dem Kommandanten im Abschnitt Mecklenburgische Küste unterstellt. Ihm wiederum unterstand bis Juli 1940 der Kommandant der Seewasserstraße Warnow (mit der 52. SSG-Gruppe). Im Juli 1940 wurden beide Dienststellen in Personalunion zum Kommandant Stützpunkt Warnemünde vereinigt.
Von September 1939 bis August 1940 existierte am Stützpunkt Warnemünde außerdem die 3. Hafenschutzflottille unter KKpt. Endell. Im Mai 1941 wurde eine Wachflottille Warnemünde aufgestellt, die dann ebenfalls unmittelbar dem Stützpunktkommandanten unterstand. Die Zuordnung der Fahrzeuge zur 52. SSG-Gruppe wurde von [G] nur in wenigen Fällen klar ausgewiesen.
Im August 1942 wurden die Fahrzeuge der Wachflottille Warnemünde bis auf einige Ausnahmen der Küstenschutzflottille Westliche Ostsee überstellt. Wie lange die 52. SSG-Gruppe über diesen Termin hinaus weiter existierte, konnte bislang nicht geklärt werden
Kommandant der Seewasserstraße Warnow
ab 10.1940 Kommandant Stützpunkt Warnemünde
09.1939 bis 12.1939 KAdm. Wollanke
12.1939 bis 10.1940 KKpt. Von Schlieben
10.1940 bis 12.1941 FKpt. Dr. Friedrich Körner
12.1941 bis 06.1942 FKpt. Bogenschütz
[HL] Hildebrand/Lohmann: Kriegsmarine 1939-1945, Kap. 83/7 und 88/5
[G] Gröner, Die deutschen Kriegsschiffe 1815-1945, Band 8
[1] KTB der Wachflottille Warnemünde, May 1941-Sep 1942: PG 39360, NARA T1022-2677