Aufgestellt im Dezember 1940. Nach Besetzung der Niederlande war zunächst, im Mai 1940, die Donauflottille in den Raum Holland verlegt und zum Minenräumdienst auf Binnenwasserstraßen verpflichtet worden. Im April 1941 erfolgte deren Rückverlegung auf die Donau.
Die Flussräumflottille der Niederlande war dem Führer der Motorbootsverbände unterstellt Ihr Stützpunkt lag in Dordrecht. Ihre Aufgabe war die Räumung niederländischer Binnengewässer von Minen und Geleitdienst für Handelsschiffe. Im Verlauf des Krieges kamen neue Aufgaben hinzu: die Abwehr alliierter Luftangriffe und die Verlegung neuer Minen gegen das Vordringen leichter britischer Seestreitkräfte in die Flussmündungsgebiete.
Einen Großteil der anfallenden Geleitaufgaben (Minensicherung) erfüllten zusätzlich auch die Rheinflottille (ab August 1940) und die Maasflottille (ab April 1941).
Im März 1945 wurde die Flußräumflottille aufgelöst. Die Boote (mit Kennung HF) wurden an die Rheinflottille abgegeben, die Besatzungen anschließend überwiegend im Landeinsatz verwendet.